Quan hệ song phương bị thương tổn do những vụ việc như những vi phạm luật lệ của công nhân Indonesia trên lãnh thổ Malaysia, Indonesia tuyên bố chủ quyền trên một số đảo của Malaysia , và việc sử dụng văn hóa Indonesia trên phương tiện quảng cáo cho ngành du lich Malaysia .

Tin Tân Hoa Xã cũng cho biết thêm, hai bên chính phủ cần phải giải quyết nhanh chóng những bất đồng này trước khi bùng phát những xung đột lớn hơn . Một số người Indonesia đã kêu gọi trả đủa Malai vì lòng yêu nước bị tổn thương . Tổng thống Indonesia cũng ra thông cáo nghiêm trị các hành động quá khích của người dân xứ ông .