Người phát ngôn của quân đội Philippines cho báo chí biết mọi mũi dùi của cuộc điều tra đang nhắm đến tổ chức Hồi Giáo Jemaah Islamaya chuyên hoạt động khủng bố. Một viên chức khác của Bộ Nội Vụ cũng tiết lộ rằng nhiều phần tử của tổ chức này dang hoạt động ngay trên lãnh thổ Philippines.

Trước đó, từng có tin nói rằng vụ đánh bom do Mặt Trận Hồi Giáo Giải Phóng MORO chủ mưu, nhưng tức khắc một thành viên cao cấp của Mặt Trận lên tiếng bác bỏ lời cáo buộc và còn lên án hành động phá hoại nhắm vào cơ sở tôn giáo.

Cuộc điều tra vẫn đang tiến hành.