Sáng thứ hai tại Tokyo, TBT Nông Đức Mạnh hội kiến với Thủ tướng Nhật Taro Aso.   Hai bên ký kết hiệp định thương mại để nỗ lực tháo gỡ mọi rào cản về mậu dịch và hợp tác, theo đó hàng hoá và dịch vụ trao đổi sẽ được giảm thuế 90%.   Việt Nam và Nhật Bản cũng đồng ý tổ chức hội nghị  thượng đỉnh song phương hằng năm, và  tăng cường quan hệ đối tác chiến lựơc nhằm củng cố hoà bình và thịnh vượng ở Châu Á.

Tổng bí thư đảng Cộng sản Việt Nam ngỏ ý hy vọng Bắc Hàn sẽ trở lại bàn đàm phán 6 nước về vấn đề hạt nhân ở bán đảo Triều Tiên. 

Thủ tướng Nhật tuyên bố Nhật bản sẽ tiếp tục ủng hộ công cuộc phát triển kinh tế của Việt Nam.  Hai nhà lãnh đạo đều đồng ý sử dụng nguồn viện trợ phát triển một cách hiệu quả và bài trừ tệ nạn tham nhũng.

Ông Nông Đức Mạnh đã hội kiến với Nhật Hoàng Akihito, và mời mời Nhà vua và Hoàng hậu, cùng Thủ tướng Nhật sang thăm Việt Nam.