Theo tin từ Thông Tấn Xã Việt Nam, thì Vedan có một hệ thống đường ống xả nước thải từ xưởng axít vào hệ thống hồ sinh học tự nhiên của công ty này. Bên cạnh đó, hệ thống xử lý nước thải UASB cũng không hoạt động theo chế độ tự động.

Công ty này cũng bị phát hiện đã thiết kế và lắp đặt hệ thống bơm chất thải chưa qua xử lý ra sông thị Vải. Bản tin Thông Tấn Xã nói là tổng khối lượng dịch thải sau khi lên men mà công ty này thải ra sông vào khoảng hơn 105 ngàn mét khối mỗi tháng.