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台湾总统马英九上任第二天，立刻举行国际传媒发布会，会中询问的焦点持续锁定在两岸关系，马英九还是强调不统不独不武的两岸政策理念，至于会不会访问中国或者香港，马英九说，目前并没有任何计划，但希望两岸能恢复协商，而对于国民党主席吴伯雄将访问中国，延续前国民党主席连战所建立的国共沟通平台，马英九说，国共沟通平台可以成为两岸沟通的第二轨道，不会与海基海协两会的正式管道重叠，将协助促进两岸关系。
马英九同时表示，他非常尊重达赖喇嘛，过去达赖喇嘛两次访问台湾，他都与达赖喇嘛见过面，但目前没有明确计划与达赖会面，而台湾会继续关注西藏问题，
民进党新任党主席蔡英文在星期三就任，马英九表示，他很重视与在野党的合作，执政党与在野党应该发展更正常的夥伴关系，蔡英文担任民进党主席，可能会有更大的空间和机会。
马英九也重申，欢迎中国到台湾投资，特别是他将推动的十二項爱台湾基础建设，他不认为四川地震会影响大陆对台湾的投资。
在台湾，总统府发言人王郁琦在星期三指出，美国民主党总统参选人奥巴马来函祝贺总统马英九，奥巴马在信中指出，马英九的上任将强化美台关系，带来两岸更和平稳定的发展。
王郁琦还表示，奥巴马在这封给马英九的信中还表示，这次台湾的总统选举展现了台湾的民主，民主巩固将更加推进，展现人民的成熟度。奥巴马希望中国能以建设性前瞻地回应马英九的上任。
奥巴马是委托前美国在台协会理事主席卜睿哲转交这封信给马英九。
记者容屹台北报道