國親聯盟候選人連戰在知道落選後，馬上對競選總部前的支持者表示，這次選舉疑雲重重，包括陳水扁無故被槍擊，而且在兩對候選人勝負不到三萬票的情況下，此次選舉被政府列為廢票的數目，高達三十二萬幾票，這些選票足以影響選舉結果，而且他高度懷疑有人做票。
連戰說：他對於我們這次選舉的影響，不言而喻。當然，是直接的，是全面的。當然還有其他的，很多很多的疑點，給人家一個普遍的印象，那就是：這是一個不公平的選舉。
連戰表示，當選舉結果揭曉後，各地不少民眾打電話和拿錄影帶來檢舉，証明此次選舉有人做票，所以他們開會研商對策。
連戰說：我要在這裡向各位報告，我的決定，也是我們國親聯盟大家共同一致的決定，那就是，我們準備提出選舉無效之訴。
連戰馬上派出律團，前往台灣高等法院提出選舉無效訴訟，而高等法院隨即召開合議庭，最後決定，下令查封全台灣所有投票站的票箱，等候進一步重新驗票。
不過，在競選總部前的民眾仍然不肯散去，最後連戰帶領支持者前往總統府，要求有關單位馬上進行驗票，目前總統府前，聚集超過五萬名群眾。
行政院長游錫坤呼籲在野黨依循法律途徑來解決此次爭端，不要利用群眾力量，破壞社會安定和台灣的形象。游錫坤說：對於所支持的候選人落選，失望的心情不難體會，台灣民主政治已經實施那麼多年，我們都各自經歷過類似的心情，但是失望也需要用對民主的體認來調和，為了這次選舉而賠上了台灣的國際形象，實難是相當的花不來。
不過，在總統前的民眾，就要求馬上檢票他們才肯離開，雙方維持對峙的局面。而游錫坤表示，如果抗議還持續下去，可能會對明天的股市產生影響，他已經下令財政部準備因應措施。