台灣的候任總統陳水扁星期日否認有請美國科學家會理事長斯通作代表,與北京方面接觸,但他表示,任何人想對台海和平及亞太地安全穩定盡棉薄之力的誠意及用心都是值得敬佩的。北京官方及外交部不肯就事件作出回應。而國台辦新聞局長張銘清則表示,斯通此次純粹是以個人名義訪問北京,而大陸是不會違反在陳水扁就職前不與陳水扁或民進黨任何人接觸的原則﹐而且一再聲明台灣不管派甚麼人過來,都只能在一個中國原則之下進行接觸。有消息指出,斯通是在上星期五由台北飛往北京,原訂進行四天訪問,期間會與副總理錢其琛、解放軍副總參謀長熊光楷及國台辦官員會面。不過據說在行程曝光後,斯通現在已經離開北京。而斯通在北京時,不肯為他擔當陳水扁密使的報道作出回應,只是表示他不想引起外界的注意。