日本外相和野洋平星期五晚在同日本首相森喜朗會晤后宣布，決定給予李登輝簽証。但他表示，預計李登輝不會從事任何政治活動。和野洋平認為李登輝是一個非常有影響力的政治人物，而日本同中國的外交關系將因此進入一個困難時期。他又表示，會爭取中國的諒解，日本是基于人道立場作出這項決定的。消息傳出后，台灣方面立即表示歡迎，台灣行政院新聞局長蘇正平發布新聞稿說，日本是一個高度民主的國家，對李登輝以一個平民申請簽證赴日就醫，能考慮人道精神，發放簽證，符合台日雙方人民的期待。 連日來不斷放話聲援李登輝的台灣的副總統呂秀蓮肯定日本政府的勇氣，她呼籲台灣人要挺起腰骨，好像李登輝一樣有骨氣，才能在國際社會得到敬重。而在北京，外交部副部長王毅立即召見日本駐華大使阿南惟茂，表示強烈抗議。指責日本枉顧兩國友誼，允許李登輝訪日。中國駐日大使陳健較早前亦向日本外務省事務次官川島裕提出抗議。陳健說，所謂李登輝到日本求醫，完全是李登輝與陳水扁等"台獨"勢力共同策劃的政治陰謀，日本政府以人道為由執意允許李登輝訪日，是對中日之間三個政治文件的嚴重踐踏。但川島表示，日方將嚴格限制李登輝的來日時間、地點和目的﹐不會允許李登輝在日期間從事治病以外的任何活動。但在同一天，針對記者提出日本是否要求李登輝簽署一項限制訪日行程協議的問題，日本官房長官福田康夫就表示，日本不會作出這樣的要求。另一方面，日本共同社的報導說，森喜朗堅持發給李登輝簽証，是因為同李登輝之間早有秘密協定。森喜朗在18日退任的記者會后透露，李登輝訪日問題從去年秋天開始就有了背景。報導指出，去年秋天李登輝向日本提出希望能在參加長野縣松本市的亞洲展望會之後，順道前往岡山縣接受心臟治療的申請。當時因為中國的壓力，李登輝接受日本請求，取消申請。當時日本政府的官員就告訴李登輝，過半年後，可以用術後檢查的名義讓李登輝訪日。
