豐富資源的新疆資源是西部開發的重點之一，但由於近幾年來當地疆獨分子不斷有施放炸彈、襲擊公安武警及政府部門的行動，令外界擔憂到新疆投資的環境。目前已知的以暴力手段尋求新疆獨立的組織主要有五個，多以土耳其與中亞地區作根據地。部分組織，多次在新疆境內進行暴力行動，包括多宗造成傷亡的爆炸案。其中總部設在土耳其的"東土耳其斯坦"是主張南疆獨立的激進分裂組織之一﹐屬於半軍事化組織。該組織的目標是在新疆建立"東土耳其斯坦共和國"。中國當局對疆獨活動一直不敢掉以輕心。在近期的嚴打運動中，當地公安聲稱打擊疆獨分子是主要任務之一。有消息指，近三年當地有關部門搞了一系列的整治活動，其中包括集中整治，就是派一些人到居民中同住、同勞動，緊密了解其中疆獨分子的活動。香港《明報》有消息指，中共新疆維吾爾自治區紀律檢查委員會近日公布了新規定，表示將嚴懲參与同支持疆獨活動的党員。這份《規定》中透露，一些基層少數民族黨員幹部被疆獨勢力收買的情?G時有發生，而有少數民族幹部在處理民族分裂事件時﹐嚴重違反政治紀律。這項規定話﹐策劃､組織､參與､支持､包庇､縱容分裂主義的份子，從事非法宗教活動的份子，以及故意為上述分子開脫罪責﹐通風報信的人﹐都將受到黨紀處分。
