中國外交部發言人秦剛表示，中國政府希望梵蒂岡以實際行動，為改善中梵關係創造條件，而非設置障礙。中方已對教皇的逝世表示哀悼，在目前情況下，中方不會派代表團，出席喪禮。他又說，已就意大利向陳水扁發簽証一事，向有關方面表達不滿。
此外，內地的天主教團體，亦不滿意梵蒂岡邀請台灣的陳水扁總統，出席教皇周五舉行的喪禮，決定改變主意，不派代表出席教皇的喪禮。他們又指梵蒂岡的做法，傷害中國人民，包括五百萬內地天主教徒的感情。
另一方面，正在巴基斯坦的中國外長李肇星重申堅決反對台獨勢力分裂中國﹐他說﹕我想告訴你一個堅定的事實，只有一個中國，台灣是中國一部份，我們堅決反對台獨勢力，製造兩個中國。
自從教皇逝世後，中梵建交的問題引起各方關注。中國外交部較早前曾表示，教廷與北京建交必須依循兩項原則，就是梵蒂岡必須與台北斷交，亦不能以宗教事務為由，干涉中國內政。
教廷有意與中國建交有跡象可尋，香港天主教教區主教陳日君早前接受外國通訊社訪問時表示，梵蒂岡準備在任命中國主教問題上讓步，以便跟北京建交。此外，英國《金融時報》周三報導，教皇去世前幾天，樞機主教達尼爾斯正在北京訪問，並與中共副總理回良玉會面，這是“數十年來，梵蒂岡高層神職人員，首次在中國土地上，與北京高層官員會晤”。