臺北市政府清查發現，市府辦公室人員余文，因貪圖方便，借他人發票申請馬英九的首長特別費用，涉嫌偽造文書，週三下晝接受檢察官約談。檢察官認為沒有重大問題，訊問後並未將余文列為被告。
由於這個情況類似總統陳水扁的國務機要費弊案，民進黨立委馬上指控馬英九將首長特別費用中飽私囊，涉嫌貪污。
馬英九舉行記者會，公開向全臺北市民道歉。馬英九說：“我要向全體市民跟社會大眾，表示我最誠致的歉意，我個人的心情當然是非常惡劣，因為我一向是以清廉自持，涉嫌偽造文書的事情發生，就令我感到非常羞愧，我真的是心情非常沈重，因為我覺得非常對不起臺北市民。”
傳媒因此詢問，馬英九說要負起責任，是否代表他會辭去臺北市長和國民黨主席的職務。馬英九說：“我自己的評估，認為我這個時候還不需要辭職，因為我本人並沒有涉入這個弊案當中，沒有直接的涉入。像這種事情，錯了就趕快承認，不要拖泥帶水，不要硬拗，有錯就承認，這是我一向的主張。”
馬英九並且強調，今次事件和總統陳水扁所涉及的國務機要費，性質完全不同。 他說：這個完全不一樣，國務機要費是陳總統本人，由他的夫人配合，向外廣泛收集發票。本案不是我指示要他做的，是出於他個人的意願。
在馬英九舉行記者會之後，市長辦公室主任鄭安國，就宣布辭職，對首長特別費用督導不周，負起全部責任。（鍾廣政臺北報導）