大陸委員會主委吳釗燮表示，從陳水扁元旦講話可以看出，目前兩岸政策大方向是沒有改變的。吳釗燮指，過去一年大家所看到的，是中國大陸對台灣提出許多協商的要求，通通棄之不顧，而且處處迴避台灣政府，所以兩岸關係在未來一段期間，實際上是沒有太多期待，因為陸委會看不出，中國大陸對台灣提出來的呼籲會有任何回應。
對於陳水扁提出的兩岸政策，是否會對台商投資大陸產生新的限制，吳釗燮就並不否認。
吳釗燮說：“有關於兩岸經貿政策部份，實際上是沒有辦法以緊縮或者開放這種很簡單的兩分法來說明，在未來的兩岸政策，我們仍然會秉持原來政策的大方向，但是在有關西進投資的方面，可以管理的部份都必須加強管理，這個部份必須要由行政部門和廠商之間，就如何管理的事項，提出一些詳細的計畫。我想我們的行政部門，尤其是經濟部那邊會針對這些計畫來草擬一些加強管理的方案。”
對於這些措施是否會影響到兩岸關係，吳釗燮表示，很多人都看台灣的政策，來評論未來兩岸關係好不好。但是他認為，造成兩岸關係惡化的源頭，是中國大陸無意和台灣接觸，而且不斷在軍事上增加對台灣的威脅，以及在外交上對台灣持續打壓。
雖然陸委會表示，陳水扁講話對兩岸關係無影響，但是台灣股市今朝一開市就直接下跌接近一百點，政府在幕後支持的基金於是陸續入場託市，不過在包括航運、食品和紡織等中國概念股帶頭下跌的影響下，終場下跌86點幾，跌穿六千五百點的心理關口。