行政院長劉兆玄宣布，已經下令衛生署，成立一個由醫生和食品專家組成的小組，透過海基會的聯繫，前往中國大陸，了解問題奶粉事件全貌，並收集資訊，作為相關部門後續處理的參考。劉兆玄指，會參考美國食品葯物管理局的做法，修改法律，將食品衛生和葯物檢驗的功能合而為一，建立新的檢驗制度。
大陸委員會主委賴幸媛，不肯正面回應劉兆玄的講話。賴幸媛說：我們會進一步把兩岸涉及到食品安全衛生的，非常重要，大家關注的議題，列為最優先的協商題目，我們已經跟對岸表達，希望能夠列入第二次“江陳會”的議程。
台灣的衛生署，每日都不停檢驗懷疑有問題的奶粉，到目前為止，除了金車公司的八種產品外，其他檢驗過的項目，都無驗出三聚氰胺成份。
不過，衛生署發現，之前有經銷三鹿奶粉的台威公司，涉嫌隱瞞5.6噸三鹿奶粉的去向，這批奶粉懷疑賣到一間大型超級市場連鎖店。
被指出售三鹿奶粉的大潤發舉行記者會，表示無賣過三鹿奶粉，而由台威公司購入的，係另一個牌子的焗麵包用奶粉，這批奶粉，在九月十七號已送交衛生署檢驗，並獲得合格証明。