台灣當局不接受海牙國際法院認定，指所控制的太平島為岩礁後，軍方提前周三（13日）派康定級巡防艦迪化號到南海巡弋。總統蔡英文登上軍艦宣示擁有太平島主權；而立法院更決議，要求蔡英文登上太平島宣示主權。（鍾廣政 台北報道）
總統蔡英文周三（13日）上午抵達高雄左營海軍基地後，即將起航前往南海的康定級巡防艦迪化號，隨即升起統帥旗。
蔡英文登上迪化號視察，並向軍官發表講話，指原定周四（14日）執行任務的迪化艦提前出發，是因為在週二，南海情勢有了新的變化。
蔡英文指說：南海仲裁的判斷，特別是對太平島的認定，已經嚴重損及我國對南海諸島以及相關海域的權利。這艘船，代表中華民國。各位身上的制服，就代表國民的託付。這次巡航的任務，就是要展現台灣人民捍衛國家利益的決心。
蔡英文又說，向來主張透過多邊協商，和平解決南海問題，亦願意在平等協商的基礎上，與相關國家共同促進和平穩定。
台灣的外交部長李大維表示，台灣事先就仲裁結果做了很多推演，沒想到出來竟是最壞的結果。
李大維說：我們每一個可能發生的狀況都做了研析，當然昨天（周二）的判決讓我們很失望，因為也是我們做幕僚作業中間，可以說是最壞的狀況。
海巡署長李仲威表示，將會繼續派海巡艦到南沙保護漁民。
李仲威說：這個宣判全國國人都非常憤慨，這完全是昧於事實的判決，大家心裡都很不舒服。我們對於領土主權，還有海域權益，海巡署絕對有信心和決心來堅持與維護。
台灣的國防部指出，因應南海仲裁結果，軍方將會與海巡署，加強南海地區監察，軍方亦會持續派遣軍機及軍艦，在南海巡邏及護航，堅定捍衛領土及主權。
立法院內政委員會決議，建議蔡英文登上太平島宣示主權。而總統府回應指，目前沒有規劃，未來不排除可能性。
至於在卸任前曾經到太平島視察的前總統馬英九亦表示，對仲裁庭法院的裁決感到非常錯愕與憤怒，認為太平島淡水充裕、農產豐富，完全符合《聯合國海洋法公約》，關於“島嶼”必須“維持人類生存與自身經濟生活”的條件，呼籲政府立即提出具體措施，捍衛台灣在太平島的權益。