陳水扁總統上台之後，雖然在"一個中國"和"兩岸九二年共識"上面不肯讓步，但是他一直就希望提動大小三通，來達到緩和兩岸關係。不過，由於新政府每個政府部門對外發言都有不同版本，所以原本預定明年一月一日正式開放的小三通，現在又傳出有延後或者改成續步實施的情形。 大陸委員會副主委陳明通明示，這個消息是從報章上傳出來的，報道指稱，民進黨高層和陳水扁的九人決策小組開會時，陳水扁要求分階段實施小三通。 陳明通表示，他為了這個消息，特別打電話向有出席那次會議的行政院祕書長邱義仁查詢，確是政策是否有改變。他表示，邱義仁祕書長強調，政策沒有改變，和陸委會原先規劃的完全一樣。 陳明通解釋說，由於台灣方面一直無法和大陸就開放小三通進行協商，所以本來就預定就台灣本身能做、能夠開放的部份先行開放，其他的等到和大陸協商後再開放。陳明通表示，開放初期，雙方都是以船隻從金門、馬祖往返大陸。 陳明通說﹕基本上我們的船隻現在是到以去的，對方的船隻要來，如果他掛中華人民共和國的國旗，肯定進來會有困難。如果他不掛，那這個掛能夠經過協商，來達到彼此雙方不掛的協議，我想那是非常好的。 對於記者問及，目前大陸還不願意和台灣協商，台灣方面是否有其他對策，陳明通表示，不協商有不協商的做法。陳明通說：我想到了年底還有很多的變數，現在就做這樣的判斷言之過早。因為我們基本上是希望透過協商來達到我們規劃的雙方不掛旗。但是如果沒有協商，元月一號，我們會怎樣來因應，現在言之過早，我們還有二十幾天，這裡面還有很多動態的因素在裡面。 陳明通表示，傳媒對於開放初期，每天能夠到金門、馬祖的人數，並非原先的每天七百人，新政府有更開放的措施。陳明通說：觀光客是七百，商務探親是除外。 陳明通表示，明年一月一日確定可以開放小三通，但是依照立法院的規定，相關法案要在十二月十五日之前送到立法院進行審查，如果立法院能提早審查完畢公布實施，台灣方面就可以先接受民眾申請，一月一日正式通航。 陳明通表示，如果立法院審查的進度落後，就祗能在一月一日正式接受申請，兩岸民眾開始小三通的日期就不能確定。
