美國政府由於擔心民進黨政府舉辦防衛性公投會讓兩岸出現無法收拾的後果，已經通知台灣各政黨，會派遣一個代表團前來了解情況。而國民黨接獲通知後，馬上宣布取消推動防衛性公投，民進黨則產生黨和政府部門不同調的情況。
國民黨立法院黨團發言人李嘉進表示，國民黨認為，這個時候舉辦防衛性公投，將導至兩岸關係緊張，而且國民黨和親民黨都認為，總統大選，在某些程度上也算是一種公民投票，所以實在無必要再繼續推動防衛性公投。
李嘉進說：我們具體主張，我們認為，總統選舉才是真正的公投，因此國親認為，我們要舉行公投，我們要遵重公投法各項實施。但是我們不要在三二零提出任何形式的公投。
無黨籍立法委員陳文茜在立法院質詢外交部長簡又新表示，根據美國方面向她傳遞的訊息，如果陳水扁執意在總統大選時舉辦公投，美國將會作出三個制裁。陳文茜說："第一個，把台灣列為旅遊警告區；第二個，商務部直接發報台灣是國家安全風險極高的地區，對他的金融機構提出警告；第三個，明白表示在台灣的美僑，其實因為此地應該撤僑。請問你簡又新部長，我想你一定聽過這幾個說法。請教你，如果美國做上以上三項準備制裁的動作，陳水扁總統仍然進行三二零的防衛性公投嗎？
簡又新表示，他不能對陳文茜的問題作出明確的回答，因為這個問題充滿假設性。簡又新說：我想在一個不是很確定，而且不是很明確的前題下，我沒有辦法對你作任何的評論。因為我非常的清楚，我們不可能在美國沒有一個諒解下，做一個三二零的公投。
不過，陳水扁競選總部副總幹事兼發言人吳乃仁就馬上提出反駁表示，簡又新並不清楚民進黨的狀況，他強調，民進黨一定會堅持在三月二十日總統大選時，舉辦防衛性公投。