國家安全會議祕書長邱義仁針對國台辦主任陳雲林日前提出兩岸三通應該可在今年十一月實現提出回應表示,無論是三通抑或統一,如果設定時間表,是不切實際的。邱義仁說,以三通為例,三通對雙方都會帶來好處,但也有一定程度的壓力,雙方都要克服自己內部的困難,目前的關鍵在於雙方要能坐下來談。邱義仁說:重要的是,雙方有這樣的意願要坐下來談,目前我看不出任何可能來設定時間表,因為三通不是台灣片面可以處理的,我也不認為大陸可以片面處理,一些設定下來的障礙如果排除,我想隨時都可以進行。邱義仁表示,如果兩岸三通,台灣的資金被大陸磁吸的情況將更加嚴重,為了因應這個趨勢,台灣有必要調查國家策略,聯合日本來對抗大陸的經濟發展。在不具有語言共通性的吸引力下,日本比台灣更容易發展南向政策,來克服中國經濟磁吸的威脅,如果日本決心以發展東南亞作為建立亞太地區經濟新秩序的基礎,台灣則是實現此一目標最好的合作夥伴。邱義仁指出,如果自由民主是台灣和日本共同堅持的價值,如果經濟全球化是雙方共同面對的趨勢,如果亞太地區和平與繁榮是兩國共同的責任,台灣與日本間是應該進行全面性合作,合作的層次,從區域穩定到安全保障,從經貿往來到合作南向的發展。所有這些合作,都能夠阻止大陸的經濟勢力控制東南亞,成為東南亞的新霸主。