針對國台辦發言人李維一昨天表示，兩岸直航問題是經濟問題而不是政治問題，而且兩岸可以各自委託民間機構，來就兩岸定點包機直航進行協商，陳水扁總統今天公開表示反對兩岸定點直航，這個講法，也否定了大陸委員會副主委陳明通昨天聲稱，台灣將在十一月底主動向大陸提出，委託民間團體進行直航談判的講法。
在國台辦舉行記者會提出對兩岸直航最新看法後，國家安全會議分別在昨天下午和今天一早，邀請大陸委員會主委蔡英文舉行緊急會議，研商對策，台灣高層認為，如果政府部門也公開附和三通以及兩岸包機定點直航，將產生台商和台灣民眾一面倒要求三通的聲浪，使台灣在兩岸談判中失去支持和籌碼，因此由陳水扁出面提出相反意見。
陳水扁表示，三通問題，現在只剩下直航問題，兩岸直航的問題雖然複雜、敏感、重要，但他絕對會勇敢面對。不過，陳水扁又說，任何形式的直航，例如包機等，均會涉及政府層面，民間不能取代政府的功能。
陳水扁表示，直航問題，是要兩岸坐下來充分溝通、協調，一切問題都可以解決。陳水扁說，他不想看到北京講的和做的不同，因此應該採取行動進行協商。