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總統陳水扁和國民黨總統候選人馬英九，上晝都前往總統府前廣場，參加升旗儀式。不過，由於過安全理由，馬英九和支持者最後祗能站在封鎖區外。
馬英九在大批民眾高呼馬總統好的口號下，講出他的新年心願，係台灣經濟變好、不要再有族群對立，這樣台灣才有希望。馬英九說，最後一個心願，係希望追求兩岸和平與繁榮。
至於陳水扁主持的升旗儀式，場面就十分冷清，並且不時傳來幾聲民眾高呼“阿扁下台”的口號。
陳水扁接著在總統府內，發表任內最後一次元旦講話，批評北京一直在國際打壓台灣。又指無論藍、綠陣營做總統，大陸都會繼續打壓。
陳水扁又說，大陸指向台灣的飛彈，由七年前的兩百枚，增加到今日的1328枚。陳水扁又對美國和歐盟，反對台灣舉辦入聯公投表示遺憾，強調一定會在三月總統選舉時，一併推行。他指今年施政重點，是追討國民黨黨產。
陳水扁跟著前往主持中正紀念堂改名後的民主紀念館開館儀式。民進黨政府原本安裝了一個鐵籠，囚禁紀念館內的蔣介石銅像，但是引起民眾反感，導致全台灣民進黨立法委員候選人支持度暴跌，所以臨時改用了三百隻風箏包圍蔣介石銅像。(鍾廣政 台北報導)