日本防衛廳的發言人，周五下午表示，一艘潛艇曾經闖入日本西南沖繩島一帶水平，直至周五下午才離開日本自衛隊偵測範圍。日本認為這是一艘中國潛艇，因此已向中國政府抗議。
日本防衛廳長官大野功統，在周五下午舉行的記者會上表示，由於在沖繩水域的不明潛艇，離開日本水域時朝中國的方向駛去，他們斷定有關進入日本領海的潛艇是一艘中國人民解放軍的潛艇，因此決定向中國政府抗議。
據報導，該艘國籍不明的潛艇，在東京時間下午三時左右離開日本防空範圍。而日本自衛隊，亦在東京時間下午三時五十分，亦即北京時間下午兩時五十分，解除戒備狀態，下令追蹤潛艇的日本海上自衛隊的艦隻，及偵測機返回基地。
日本外相町村信孝，在周五黃昏正式向中國駐日大使程永華提出抗議。中國外交部收到日本的抗議後，隨即舉行緊急會議。但中國外交部在截稿時間前，對事件未有作出任何回應。(中國駐日公使程永華表示，會向中國政府報告，並己就事件展開調查)
日本傳媒引述防衛廳發言人表示，根據潛艇發出的聲音，初步判定這艘闖入日本水域的潛艇，屬於中國海軍的“漢級”核潛艇。
“漢級”核動力潛艇，是中國第一代自行開發的核潛艇，在一九六八年開始建造，一九七四年正式投入服務。“漢級”核潛艇的噪音大，磁場大，容易被偵測。由於“漢級”潛艇缺乏水底發射能力，中國正以新一代的潛艇取代現時服役的“漢級”潛艇。
自中國開發東海春曉油氣田後，中日之間在東海問題上的衝突日趨表面化。日本政府曾多次要求中國交出春曉油氣田的資料，均未獲結果。