台灣的大陸委員會遣責北京判程翔有罪是破壞新聞自由﹐陸委會並否認程翔是台灣間諜。被指資助程翔收集大陸情報的中華歐亞基金會表示﹐基金會未委託過程翔或者任何記者做研究工作。
陸委會副主委劉德勳說，程翔被判有罪，將會引起全世界的注意，並且影響中國大陸邁向自由化和國際化的速度。劉德勳指，陸委會強烈遣責北京侵犯新聞自由，他說，從這件事可以看出，大陸近來經濟雖然有成長，但是在各種自由的程度上，是嚴重後退。
對於程翔有無幫台灣從事間諜工作，劉德勳指，以台灣的新聞自由標準，程翔祗是從事一個記者份內的自由採訪行為。他否認程翔替台灣情報部門工作。
劉德勳希望，程翔事件不會影響兩岸交流，他期望大陸方面未來有更開放的新聞自由環境，作為雙方新聞交流的平台。
被指資助程翔收集大陸情報的中華歐亞基金會，就由副執行長趙建民回應說，程翔從來是以記者身份來基金會進行採訪，基金會未委託過程翔或者任何記者做研究。
趙建民說，基金會通常祗找學者做研究工作，而且研究結果是以一元新台幣一個字作為酬勞，最高稿費不會超過一萬元，他指，在這個制度下，無人可以從基金會拿到巨額的研究經費。