台灣大陸委員會副主委劉德勳表示，國台辦主任陳雲林申論來台參加國共兩黨經貿論壇的名單共有61人，包括：國台辦兩位副主任、六位局長和四位副局長全部高層官員。
劉德勳說：因此，以一個面對兩岸事務那麼高階層，而且人數那麼多的活動，當然我們希望他能夠對台灣地區，尤其是兩岸關係，能夠表現出另外一種更積極的意涵。可是，我們兩度希望跟他們確認這部份的行程，結果我們得到的是，他們來台的四天當中，除了參加經貿論壇之外，並沒有安排其他活動。
劉德勳認為，這個代表團來台，應該是給全世界一個改善兩岸關係的印象，因此陸委會委託海基會兩度去函，希望就陳雲林來台進行協商，並且要北京在協商中，提出改善兩岸關係的具體措施。
劉德勳指，由於到今天為止，仍然未得到北京方面的具體和積極的回應，所以有關單位決定否決陳雲林一行的申請。
陸委會表示，在國際間，國與國之間的高層官員或重要部門負責人相互訪問，不論是否為官方的形式，都是要透過雙方政府部門，或是政府所授權的單位，事前進行協商，以便做好必要的溝通與安排，台灣或者北京官員要前往其他國家，也都不應有例外。
陸委會強調，北京當局在軍事及外交上，持續打壓與恫嚇台灣，依據歷來的民意調查顯示，台灣民眾認為北京對台有敵意的人，平均高達六成，陳雲林一行人員如果來台，在未經兩岸正式協商，台灣無法確實掌握並規範他們在台灣期間的所有言行與行程細節的情況下，政府部門便無法對相關的安全維護作出任何安排與承諾，而這一點也是邀請陳雲林一行來台的國民黨，公開表示最擔心的問題。