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有台灣傳媒報﹐副總統呂秀蓮以及行政院長蘇貞昌同樣涉及貪污國務機要費﹐但案件調查已結束。國民黨批評檢察官調查國務機要費時放水。依照台灣法律規定本案不會再重新調查。
台灣一份週刊報導，檢察官在調查陳水扁涉嫌貪污國務機要費案件中，查出副總統呂秀蓮，用國務機要費買罐頭、醬菜，行政院長蘇貞昌用來買家私，總統府祕書長邱義仁，申報看醫生掛號費。呂秀蓮知道後表示，司法案件的資料，傳媒沒有理由可以得到發票的照片，她要求高等法院檢察署查黑中心作出交待。
高檢署發言人張文政說，查黑中心檢察官，在調查陳水扁涉嫌貪污國務機要費案件時，有調查過和呂秀蓮有關的發票。張水政指，本案已經調查結束，懷疑有問題的包括陳水扁太太吳淑珍已經被起訴，所有相關的發票和証據，亦已送交法院審查，傳媒並非從高檢署得到發票的資料。
國民黨祕書長吳敦義說，由傳媒的報導，知道檢察官在調查國務機要費，以及前台北市長馬英九的特別費時，有明顯差別待遇。馬英九因使用其他發票申報首長特別費，以貪污罪被起訴，而呂秀蓮等人，就完全無事。
國民黨立法院黨團，就要求查黑中心，一個月內起訴呂秀蓮、以及行政院長蘇貞昌等官員。
蘇貞昌就表示，他有無貪污國務機要費，最好有人去查清楚。蘇貞昌說，國民黨要求高檢署一個月內起訴民進黨的四大天王，是恐嚇檢察官。他指，台灣是法治的地方，一切依照法律行事。
這次被傳媒報導的發票，是屬於查黑中心調查陳水扁涉嫌貪污國務機要費範圍，檢察官調查後，祗起訴了吳淑珍。依照當地的法律規定，等於案件已經調查結束，不會重新調查，或者增加被告人數。除非有民眾再次提出新証據檢舉，否則不理傳媒報導的發票是真抑或假，查黑中心都不會再調查本案。(自由亞洲電台鍾廣政台北報導)