總統陳水扁結束利比亞過境訪問之後，專機在下晝三點十五分，降落在印尼巴淡島，預計停留一晚，明天下晝三點半才會返抵台灣。
據隨行的記者傳回來的消息，當地省長前來接機，印尼副總統邱素福會在稍後親自接待陳水扁一行。
不過，台灣的外交部發言人呂慶龍不願意証實陳水扁會晤印尼官方的層級。他說，外交部依照慣例，不會透露陳水扁在出訪地和朋友進行私人會面的內容。呂慶龍說：陳水扁在是借由過境的方式，會晤當地的朋友，考察經濟發展和投資環境，有助台灣與國際社會加強互動。
而陳水扁較早之前過境利比亞，今日成為台灣輿論和在野黨立委批評的焦點。前外交部長、立法委員蔣孝嚴表示，無論過境利比亞抑或巴淡島，都並非外交上的突破，因為他看不出會有什麼具體的成果。蔣孝嚴說：美國認為，利比亞是恐怖主義國家之一，在美國積極反恐的情勢下，陳水扁拉攏利比亞，可能會得不償失。
台灣一家電視台針對陳水扁今次出訪進行民調，結果百分之六十受訪者認為，陳水扁的出訪影響台灣尊嚴。有百分之五十八民眾對這次出訪不滿，而陳水扁的支持度，在出訪後祗剩下百分之十五。
另外，美國副國務卿佐立克表示，北京並未向美國施加壓力，阻止陳水扁在美國過境。佐立克說，對美國來說，台獨就是戰爭，美國支持台灣不代表支持台獨，在處理相關問題上，美國絕不能大意。佐立克指，如果一些台灣政台人物，原先講過的政治承諾不算數，並且不斷挑戰美國的一個中國政策底線，美國政府當然會給予回應。