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為了因應週五晚上百萬人倒扁總部發起的圍城行動，包圍總統府和官邸場面失控，群眾可能衝破封鎖線，進入官邸，國家安全局提出多套因應措施，並建議陳水扁和家人，撤退到作戰時的陸軍指揮中心，亦即圓山指揮部躲避。
台北市長馬英九証實，倒扁總部已經向市政府申請由總統府前廣場，遊行到台北車站再繼續靜坐。馬英九呼籲倒扁總部和警方一起維持秩序，如果民眾有過激的言論和行為，亦應出面勸阻。
馬英九說，星期五晚的遊行，愈是守法和平，道德張力愈大，而且愈能博得民眾支持，遊行才算成功。馬英九指，如果群眾叫一些帶有暴力性的口號，可能會帶來反感。
對於靜坐總指揮施明德建議，聯絡國民黨榮譽主席連戰、副總統呂秀蓮和前總統李登輝等政要進行協商，促陳水扁落台，馬英九說，會了解並且和相關人士溝通。
倒扁總部發言人賀德芬說，十五號晚他們要暫時離開總統府前，開始每日都搞遊行活動，而對民進黨揚言陳水扁祗能容忍示威進行到十月十號，賀德芬就質問，陳水扁是否準備在雙十節出坦克車對付他們。
台北市警察中正一分局副局長方仰寧指，倒扁總部祗是申請從總統府前廣場，遊行到台北車站，並無申請在官邸和總統府等禁區遊行。方仰寧指，總統府和官邸都屬於禁區，警方一定不會批准。