美國國務卿賴斯在記者會中，批評民進黨政府推動入聯公投是挑釁後，總統陳水扁回應說，是北京對美國施加壓力，美國才被迫作出反應。陳水扁說：絕對沒有挑釁政策，祗有尊重民意的政策，也祗有依法行政的政策。我們都了解到，今天在挑釁的不是台灣，在挑釁的是中國，目前仍然部署了超過988枚的戰術導彈來對準台灣。
行政院長張俊雄表示，台灣舉辦入聯公投，絕對不是更改國號，美國顯然誤會了台灣。張俊雄說：這個祗是加入國際組織的名稱，不是國號的變更，也不是現狀的改變。
民進黨總統候選人謝長廷認為，入聯公投是一個人民的要求，政府無權否決。謝長廷說：人民已經有兩百多萬的連署，我們也不能夠說，誰反對就停下來，我們也沒有這個權力停下來，這是考驗，這不是陳總統可以停下來的。
外交部長黃志芳指，是由於北京向美國施加壓力，國務院才有這種反應。黃志芳希望美國政府，能夠持平看待入聯公投，不要受到北京的影響。(自由亞洲電台鍾廣政 台北報導)