總統陳水扁今生針對教皇保羅二世逝世，發表電視講話表達哀悼，陳水扁說，他已經下令總統府和行政院，代表台灣民眾下半旗致哀。他也要求有關單位，向教廷表達台灣方面的關心。
陳水扁表示，他對教皇揭諸的和平四大支柱，即是：真理、正義、仁愛和自由高度認同，陳水扁相信：台海和平祗有在兩岸都能夠尊重，並能夠遵守這四大支柱的才能夠維繫。
陳水扁表示，揚棄以非和平手段解決國際紛爭，透過外交與國際週旋來化解人類之間的歧異，不但是教皇畢生追求的理想，也是大家必須共同努力的目標。
陳水扁說，台灣願意扮演國際秩序的捍衛者，與民主和平的支持者。陳水扁相信，唯有訴諸民主和平、自由和尊重，才能夠生活在一個沒有暴力、武力、戰爭和歧視的世界。