本來預定在今晚出訪中南美洲的總統陳水扁，因為美國政府不同意他在紐約和加州過境，所以延到明天早上八點半出發。
台灣當局本來想借陳水扁訪問中南美洲的機會，在紐約以及三藩市過境，順便進行外交活動，但是最後美國總統布什祗批准陳水扁的專機的去程和回程都在阿拉斯加加油，不准過夜和進行外交活動。
台灣的外交部長黃志芳解釋說，以往陳水扁要在美國過境，都事先和美國磋商，但是這次因為中國國家主席胡錦濤訪美，所以台灣在胡錦濤離開後，才開始協商，以致準備時間不夠。
黃志芳指，由於美國在伊朗核武，蘇丹難民和北韓問題上需要北京協助，他認為北京利用這個機會要脅美國，打壓台灣。
對於傳媒詢問，是不是因為陳水扁在年初提出終止國家統一委員會，和國家統一綱領引起美國不滿，才借這次機會懲罰陳水扁。
黃志芳就表示，終統事件已經過去，和這次過境無關，他並且認為，陳水扁過境的待遇，不算外交上的挫敗。
黃志芳說，這次過境安排，是特定時空之下所做的特殊安排，亦不會成為未來的慣例。他指，美台都有共識，應該著眼於雙方未來長遠關係上。
台灣輿論就評論說，這次是1993年以來，台灣領導人過境美國待遇最差的一次。甚至連民進黨立委林濁水都覺得，是美國政府發出訊號警告陳水扁，要他在未來任期內，不要再隨便提修憲或者涉及台獨的議題。