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鉴于朝鲜的炮击造成韩国方面多人伤亡，日本政府对事态表示担忧，认为“这是朝鲜的危险的挑衅行为。” 日本政府于23号下午3点20分在日本首相官邸的危机管理中心设置了情报联络室，全力收集相关情报。
日本政府内有意见认为，朝鲜此举可能是受到日美韩打出了绝对不能容忍朝鲜推进铀浓缩的强硬态度的影响。日本政府消息人士指出：“韩国方面似乎也在避免事态进一步扩大。”日本政府准备静观事态发展，呼吁冷静应对，防止事态升级。
虽然当天日本放假，但日本首相菅直人在23号下午进入首相官邸，日本防卫相北泽俊美23号下午进入官邸，官房长官仙谷由人和官房副长官古川元久等人也相继赶到了官邸。紧急应对朝鲜炮击韩国问题。
日本首相菅直人在首相官邸听取了危机管理担当人员就当前局势所作的说明，之后，他指示日本各省厅全力以赴收集情报，并做好应对不测事态的准备。
日本政府内部有意见指出，由于有情报显示，本次炮击给平民百姓也造成了伤害，因此和以往的南北警备艇枪战等相比，事态更为严重。
首相菅直人23号傍晚在官邸接受记者采访表示说：“已经指示防卫相北泽俊美收集情报和做好准备以防不测。希望做好对国民而言是万全的准备。”
日本政府打算慎重分析炮击事件的背景，同时与韩国和美国等密切合作，继续收集相关情报。
日本长崎县佐世保市政府在22号召开的市议会基地对策特别委员会上透露，日本防卫省已决定，把日本海上自卫队的潜艇数量从目前的16艘增至22艘，该市已联系过防卫省，争取将新增潜艇部署到该市。
以上是自由亚洲电台特约记者南洲发自日本东京的报道。