台湾总统当选人马英九办公室宣布国家安全会议秘书长将由淡江大学教授苏起接任，苏起在星期一指出，未来将以正派经营，专业至上为基本理念，协助总统马英九，不会像陈水扁政府直接指挥各部会。

苏起的这番话，是因为涉及巴布亚新几内亚建交经费三千万美元被侵吞案的前国安会秘书长邱义仁，以职权直接指挥多个部会首长，因此苏起坚持自己最主要的就是对总统马英九负责，而不能扩权，苏起曾经担任新闻局长、陆委会主委、总统府发言人，但苏起强调，未来基于身分的考量，将不会与传媒接触，而在其他军情系统方面，传出被列为陈水扁人马的国安局长许惠佑、调查局长叶盛茂、军情局长葛广明将留任的消息，苏起不愿证实，但表示，目前人事以安定为主。

国民党立委对于情治系统由陈水扁人马掌握也意见分歧，但希望这是过渡时期的事考量，未来能進行新的情治系统人事布局。