Tình trạng sức khoẻ của linh mục Nguyễn Văn Lý hiện rất kém. Ông kể với Đài RFA:
“Tôi bị tai biến mạch máu não ba lần. Lần thứ nhất là tháng 5 năm 2009, lần thứ hai vào tháng 7, lần thứ ba là tháng 11. Mỗi lần đều nặng thêm.
Riêng lần thứ ba thì người ta đưa đến Bệnh viện 19 tháng 8 của Công an ở Hà Nội. Hai động mạch cổ bị xơ vữa, riêng ở hậu chẩm phía trái của não có một khối u rộng 2,5 cm. Người ta nghi khối u này đã chèn ép các dây thần kinh nên chân phải và tay phải bị liệt. Sau 4 tháng điều trị, chân phải có bớt đôi chút nhưng chưa hoạt động bình thường, tay phải cầm được thìa ăn cơm nhưng chưa cầm được bàn chải đánh răng, chưa cầm bút được, có thể đưa tay lên xuống, phục hồi lần sau chậm hơn lần trước. Khối u ở não trái người ta khó nói là u lành hay u ác và người ta cũng không điều trị vì sợ đụng vào thì tai biến nguy hiểm, cho nên họ để gia đình và giáo hội điều trị hay hơn.
Cách đây vài tháng, họ gợi ý cho gia đình viết thư đề nghị để đưa về điều trị. Gia đình thương và cũng làm. Khi yêu cầu, họ bảo đừng cho tôi biết vì sợ tôi không đồng tình nhưng sau khi tôi biết thì tôi chiều theo gia đình.”
Cuối tháng 3 năm 2007, linh mục Nguyễn Văn Lý bị Toà án tỉnh Thừa Thiên - Huế phạt 8 năm tù và 5 năm quản chế. Bản án này đã bị cả dư luận lẫn cộng đồng quốc tế chỉ trích kịch liệt.
Đây là lần thứ tư chính quyền Việt Nam phải trả tự do cho linh mục Nguyễn Văn Lý trước khi ông thi hành đủ mức hình phạt mà Toà án Việt Nam đã tuyên.
Tháng 9 năm 1977, linh mục bị kết án 20 năm tù vì “chống phá cách mạng” nhưng ba tháng sau được trả tự do. Tháng 5 năm 1983, linh mục tiếp tục bị kết án 10 năm tù vì “gây rối trật tự” nhưng đến tháng 7 năm 1992 thì chính quyền buộc phải thả ông. Lần thứ ba, vào tháng 10 năm 2001, linh mục bị kết án 15 năm tù vì hai tội “phá hoại chính sách đoàn kết” và “không chấp hành quyết định quản chế hành chính”, tuy nhiên đến tháng 2 năm 2005, với tuyên bố linh mục đã “biết lỗi” và “hối hận”.
Song hai năm sau, chính quyền Việt Nam tiếp tục phải cầm giữ linh mục Nguyễn Văn Lý.