台灣和美國秘密簽署協議，准許美國牛肉入口之後，引起民間團體和不分朝野立委反對。立法院於是召開會議，朝野達成共識，凡是爆發狂牛症國家疫區，10年內，牛的頭骨、腦、眼睛、脊髓等6部位，不得入口台灣。並計劃在一月五日表決通過議案。
美國政府隨即發表措詞強硬聲明，批評台灣立法院修正草案的條文沒有科學依據，無助於保障台灣的食品供應，一旦通過，將對美國牛肉輸台造成新的障礙，構成片面撕毀美台兩個月前達成的雙邊協議。台灣當局應仔細考量這個修正草案通過後，對台灣的國際聲譽所可能造成的衝擊。
台灣前駐南非大使陸以正說，他從事外交工作四十幾年，未見過美國政府用這麼嚴厲的語氣發表聲明。
前外交部長胡志強指，陳水扁執政時代因為搞申請加入聯合國行動，導致台美關係緊張。胡志強認為，那時是美國是針對陳水扁，但現在是對台灣政府不信任。胡志強說：絕對會有問題，因為國際上也很少有這種例子，絕對，而且很可能走向玉石俱焚。
總統府為了平息美國的憤怒，決定一月中派出代表團前往美國溝通。
行政院長吳敦義上晝舉行記者會，說明台灣立場是：尊重民意、一致對外後，總統馬英九下晝又在記者會中，解釋導致牛肉風波，係當初推行政策時溝通不夠。
馬英九說，對於美國牛肉的議題，跟美方在關係上產生的衝擊，朝野都希望局限在經濟方面。馬英九說：我們當然覺得過去溝通幅度不夠，也許開始的時間也不夠早，所以我們這部份也在檢討。對內鞏固，對外修補，就是這個意思。因為立法院，我們沒有把責任推給立法院。
立法院方面，由院長王金平帶頭，表示無興趣參加代表團去美國溝通。
國民黨立委邱毅更呼籲政府部門，態度要強硬，不要失去尊嚴。邱毅說：哪一個民主國家面對美國的要求是照單全收的？我們又不是美國的殖民地。你美國如果說不要賣武器給台灣，很好呀！我們不要買呀！我們每年可以省幾千億，何樂而不為呢？何必自己先軟化，自己先像哈巴狗一樣去找人家呢？
輿論亦批評馬英九在處理美國牛肉議題上無能，知名作家南方朔更撰文指馬英九像明朝崇禎王帝一樣，自戀又誤國。南方朔說：上次縣市長選輸之後，都說跟他沒有關係，又不道歉，都是別人的事。這重風格就跟崇禎王帝把天下搞丟了，都跟他沒事，都是別人害他，這是領導者不負責任態度嘛！
南方朔指，他對馬英九的期望是恨鐵不成鋼，但是一塊鐵能不能變成鋼，就要看他夠不夠努力。