行政院長劉兆玄表示，如果說海協會副會長張銘清在台南被攻擊事件，對兩岸關係無影響，無人會相信。
劉兆玄指，事件發生後，台灣方面很明快的處理，過程中和北京的互動感覺到，海協會會長陳雲林來台，進行第二次兩會協商行程，不會受到影響。
劉兆玄說，陳雲林來台時，會加強保安工作，不會再發生暴力事件。
張銘清就因為腳和腰部很痛，上晝提早返北京接受治療。張銘清離開酒店表示，此次暴力事件，是極少數人所為，無法代表台南鄉親和兩千三百萬台灣民眾。張銘清指，民進黨想用這種手段破壞兩岸關係以及和平局面，他認為，民進黨人士的圖謀係不可能得逞的。
在張銘清抵達機場時，仍然有民進黨人士來抗議。民進黨籍高雄市議員蕭永達，正要上前向張銘清高呼台獨口號時，就立即被十幾名警員拖上警車帶走。
海基會董事長江丙坤，從台北趕往高雄送機。江丙坤很低調的表示，海協會來函，要求台灣嚴懲肇事者。他說，台南市警察局長立即降級調職，警政署長亦自我要求處罰，相信北京已清楚了解台灣的處理過程。