馬英九在陳雲林來台訪問前，接受台灣TVBS電視的專訪，馬英九表示他是以”中華民國總統”的身份接待陳雲林，時間是陳即將離開台灣之前，但地點則避開了敏感的”總統府”。報導指很大可能是台北賓館，馬英九指，還有一兩個的地方，一切考慮都是對等的尊嚴。
馬英九並說，在體制上，海協會是一個民間組織，他會稱陳雲林做”會長，或陳先生”，但他”不知到對方會如何回應，但不管如何稱呼，他都是以中華民國總統的身份接見。”
另外，馬英九說食品安全到現在還是大多數台灣人關心的問題，不只限於毒奶，他也期待陳雲林在會談中能夠親自為毒奶事件道歉。馬英九並將16個字定調與陳的會面，”政治現實，互不否認，為民興利，兩岸和平。一日前，馬英九接見台灣七大工商組織時就表示，海協會的道歉是好的，但來得太晚了，如果一開始就道歉，他相信台灣老百姓的感受完全不一。
陳雲林定於11月3日前往台灣，是歷來大陸涉台官員最高的級數，大陸的媒體將有約30名記者專機陪同，包括中央級新華社、中新社等。陳雲林下蹋的圓山飯店，及附近的道路屆時將實施交通管制，但藍綠的支持者都已經申請了圓山飯店上下坡的路權，歡迎及抗議的人馬隨時會發生對峙。有綠營議員更呼籲支持者，以健行20分鐘，登山的方式上圓山飯店向陳雲林抗議，警方則表示將取締非法的集會。
台灣海基會的董事長江丙坤則表示，陳雲林此行大陸民眾在看，行程安排上能，希望能給予大陸人台灣是民主、法治、溫馨、熱情，就像當下國內熱播的台灣電影 “海角七號”，能大陸民眾留下濃濃鄉土味、好客的印象。
另外﹐台南警方週三表示﹐有關海協會副會長張銘清在台南被推擠跌倒案﹐警方根據傷害、妨害自由、妨害秩序等涉嫌罪行，將民進黨台南市議員王定宇等七人移送法辦。