教廷周日（3日）首次公開表態，呼籲中國當局尊重信仰自由，不要借助中梵協議，逼迫國內地下教會加入愛國會。大陸和台灣的神職人員，希望打壓只是地方政府的行為，冀中央政府能尊重協議精神。（文宇晴 報道）
香港退休樞機主教陳日君1月底在網上披露，指中國政府利用中梵主教任命協議，追殺地下教會神父，又要他們註冊、加入愛國會，還說這是教宗的意思。梵蒂岡萬民福音傳播部部長費洛尼（Fernando Filoni）周日（3日）接受《羅馬觀察報》訪問時表示，促請中國政府不要利用中梵主教任命的臨時協議，強逼天主教神職人員或信徒加入天主教愛國會。這也是去年9月，中梵秘密簽署了一項關於主教任命的協議被曝光後，教廷的首次表態。
同時獲梵蒂岡教廷及中方任命的陝西省三原教區主教韓英進表示，該協議大概的方向是中國官方可提供地方主教的候選人，但最終的任命還是要由教宗決定。至於其他細節中梵均沒有詳細說明。因此他相信，可能是地方政府對協議在實際執行時出現了差異，因而引起輿論。
他又認為，中梵恢復邦交對兩國都有利，雙方正向這一步逐漸邁進，希望各方都要正面看待，不要因一些小問題而影響到。
韓英進說︰這個協議簽署真的很不容易，是一個突破。我們還是希望在這個協議之下，不要再給對方提出甚麼要求，或強加甚麼內容。可能有些地方有這樣的做法，可能是他們想法不同的用意，我們也搞不清楚。一個政策的執行，各個地方政府可能不一樣，我覺得既然協議簽訂了，就盡量求大同，存小異。
費洛尼在訪問中指出，外界對中梵達成的協議可能有不同解讀，但毋庸置疑的是協議對中國天主教會有重要的歷史意義。除了承認教宗的特定角色，中國教會的「獨立自辦」原則要重新演釋，不希望再聽到有大陸地方政府的官員將協議當作工具。他又指出，中國天主教會經歷60年的苦難和分裂，梵蒂岡並非要求中國的地下教會消失，讓位給北京認可的天主教愛國會，期望天主教愛國會及地下教會能達致真正合一，呼籲中國當局尊重信仰自由，教廷的目標是讓中國分裂的教會和解。
台灣主教團秘書長陳科神父表示，教廷是為中國著想，避免外界對協議內容的過度解讀，而讓北京政府誤會，因而並沒有在大陸地方主教任命的協議在簽訂後就立即公開。陳科神父又指出，教宗沒有放棄地下教會，所以更要在處理時小心，避免地下教會在中國大陸進一步被擠壓。
陳科說︰要解決問題不能與中共硬碰，因為地下教會在大陸，教宗要很小心處理。簽了協議後，（迫害地下教會）變本加厲，是硬派執政地方才會這樣做。迫使梵蒂岡的費洛尼發聲，有理由斥中方內部做法要讓梵蒂岡表態，不是梵蒂岡（簽署協議後）馬上做文章。我覺得這個事情的發展是很好。
台灣媒體曾報道，中國於1951年與羅馬教廷斷交後，許多天主教徒被迫轉入地下活動，直到在20世紀80年代宗教活動被再次允許後，才重新公開活動。不過，天主教在中國的教眾增長較為緩慢，目前大約有100個教區，教徒約在1千萬至1千2百萬人。逾百名主教中，7成是由中國官方所任命的「愛國教會」主教，3成才是梵蒂岡祝聖、未經官方批准的「地下教會」（天主教主教團）主教。
然而自去年初開始，中梵有望恢復邦交的消息不斷釋出。至9月時，中梵簽訂關於了主教任命的臨時協議，但雙方都無公布協議內容。有報道表示，在簽署協議前，教宗方濟各已經接納了中國官方認可的7名中國主教。