Số lượng thứ trưởng nhiều hơn so với quy định diễn ra ở một số bộ, chẳng hạn bộ NN và PTNT, Công thương, Ngoại giao, Tài nguyên môi trường.
Nhiều bộ có số cán bộ cấp phó tại các vụ, cục cũng nhiều hơn so với quy đinh, thậm chí lên đến 7 người so với mức quy định chỉ có 3.
Theo lý giải của Bộ trưởng Bộ Nội vụ về tình trạng tăng cấp phó là do một số nguyên nhân. Thứ nhất, là do sau khi chủ trương hợp nhất các bộ, số lượng cấp phó sát nhập tăng cao; thứ hai, là do thực hiện chủ trương luân chuyển, điều động cán bộ lãnh đạo và cuối cùng là do yêu cầu thực tiễn về tăng cường chỉ đạo cần thêm nhiều thứ trưởng để phụ trách các ngành, lĩnh vực hoặc các tập đoàn nhà nước.
Cũng theo báo cáo của Bộ Nội vụ, thì cùng với việc thừa cấp phó, thì số tổng cục, cục và đơn vị tương đương cũng đã tăng thêm 39 đơn vị.
