中國衛生部此舉是回應全球基金凍結中國數以美元艾滋病項目、結核病項目和瘧疾項目資金撥款的行動。去年11月，全球基金宣布暫停中國艾滋病項目撥款，上個月，全球基金宣布暫停中國所有項目撥款，問題涉及一些地方財務管理不善、給草根組織資金撥款不到位、以及艾滋病工作環境越來越惡劣。今年8月，全球基金檢察官辦公室將派人來中國進行全面的調查。
北京市衛生局隨後召開會議，要求按衛生部統一部署，在各區縣成立“全球基金艾滋病、結核病防治項目督察領導小組”，各項目執行單位立即開展自查工作，對於發現的問題及時整改。隨後，北京市衛生局督導小組將對項目單位進行督導檢查。
中國衛生部對全國衛生部門和疾病預防控制中心進行的自查和督查，一方面有助於落實中國和全球基金關於項目管理的協議和要求，一方面也為防止全球基金檢察官來人發現更多的問題。本次自查和督查工作，既可以幫助地方衛生部門掌握對付全球基金檢查人員的能力，同時也是中國政府做給全國基金看的一個“秀”。
但是，這種自查和督查不能解決腐敗的根本問題。中國衛生部門的腐敗，是一個體制問題，不是一個國際項目資金的檢查所能處理好的。中國政府對草根艾滋病組織發展的焦慮，是政治性的，不是一個衛生項目所能處理好的。當然，國際項目能夠推動一下，也是好事，但前景不會很樂觀。
首先，這種自查和督查依然是體制內部檢查，缺乏外部監督，缺乏獨立專家和非政府組織的參與。內部檢查很容易出現走過場的情況，除吃吃喝喝之外，很容易出現上下一起討論對付全球基金檢查人員的經驗，也可能對全球基金的檢查做好防範。
其次，衛生部門對自查和督查的報告，估計是不會公開的，因為缺乏公眾壓力，虛偽的材料不一定會被政府部門人員發現，從而衛生部門內的自查和督查也不會根本上起到效果。
第三，中國全球基金項目管理上很多問題來自上級部門，比如中國國家項目辦告訴省級項目辦，給草根組織的資金撥付比例不超過10%，而有些地方省級項目辦再對縣市項目辦說，對草根組織，能省就省。
第四，全球基金中國艾滋病項目是一個和中國國家艾滋病五年行動計劃整合在一起的項目，全球基金項目資金只是對中國國家行動計劃的補充，而不能代替國家艾滋病行動計劃。但是，衛生部本次自查和督查，只限於全球基金項目資金使用的檢查，而不檢查中央和地方財政撥款資金的使用情況，實在是本末倒置。如果國家財政撥款的艾滋病資金不能使用到位，國際基金再多也無濟於事。
第五，全球基金檢察人員畢竟是外賓，在各個地方逗留時間有限，無法真正了解詳實的情況。此類大型基金的監管，需要公眾參與。但無論全球基金、還是中國政府，都沒有明確中國政府信息公開法規的適用問題，也就是說，中國公民是否可以通過政府信息公開條例，要求獲取全球基金項目資金使用的信息。
筆者以為，增強中國衛生部門的信息透明，鼓勵公眾參與對衛生工作的監督，減少衛生部門的腐敗，才是處理好中國全球基金項目的根本問題。如果減少腐敗，全球基金項目對中國只能是錦上添花，中國有沒有全球基金項目資金支持，都不會對中國艾滋病防治、結核病防治、瘧疾防治產生重大的影響。