香港政府下半旗致哀
香港特區政府總部及全港政府機構，周二下半旗致哀，政府官員亦取消不必要的公開活動。
特首曾蔭權早上出席一個公開場合時表示，仍然對事件感到非常沉痛，形容事件對香港是沉重打擊，又指中國外交部已向菲律賓政府進行交涉，表示香港政府會對事件追究到底。他說：我向菲律賓外交部長通了電話，嚴正表示對事件感到十分沉痛，覺得是一個大悲劇，要求菲律賓當局要作出一個詳細全面的調查。
香港政府亦在社交網站Facebook設立網頁悼念遇害的團友，截止傍晚已有數百名市民在網頁留言致哀，並向傷者和家屬表達關懷。
香港市民紛紛譴責菲律賓政府處置不當
屠殺事件引起香港全城哀慟。不少市民致電電台節目譴責菲律賓政府。而在互聯網上，多個討論區都引起熱烈討論，亦有網民在Facebook設立群組，向死傷者表示哀悼和獻上祝福。但網上談論最激烈的，還是菲律賓警方拯救人質的手法拙劣。
網民羅先生向本台表示，對菲律賓警方未能成功拯救港人感到悲憤。他指悲劇發生後，有網民提出周二穿素色衣服悼念的建議，短短數小時已有萬多人響應，亦有不少人把自己在Facebook上帖出的相片，轉為黑色以示哀悼。
而本港多個政黨包括民主黨、民建聯、自由黨等就透過激進行動表達憤慨，分別到菲律賓駐港領事館抗議，他們於領事館門前默哀，並且拉起橫額高叫口號，譴責菲律賓政府草菅人命。民主黨更呼籲其他政黨及議員參與聯署，向菲律賓當局施壓，要求公平處理事件。
到場抗議的立法會議員梁美芬向本台表示，已將事件提案到立法會要求討論。她說：我就去信了立法會曾鈺成主席，要求盡快召開特別會議，讓多個局的代表和議員參與，讓我們把意見反映出來。
對於外界強烈譴責菲律賓警方拯救人質行動緩慢，部署失當。保安局局長李少光接受電台訪問時表示，暫時不便評論菲律賓警方在這次行動上的處理手法，但強調若事件發生在香港，定必會把人質的安全放在首要，並且會作出果斷的行動。他說：若是我們處理這事件，我們一定會以人質安全為首要考慮。除權我們不行動，否則我們就要立即完結。百分之一百肯定才可開第一槍，否則激怒他就會血流成河。
李少光又說，政務司司長唐英年，周二再傳召菲律賓駐港總領使，提出三個要求，包括盡快安排遺體返港、為傷者提供最好的醫療照顧 ，深入調查事件並向香港政府交代 。
就外界認為菲律賓並非發生叛亂，這次悲劇只屬於個別事件，質疑發出黑色旅遊警示是否正確。李少光回應說，發兇旅遊警示是考慮到市民的安全。
香港軍事專家：菲律賓政府未將人質安全放在首位
香港軍事專家馬鼎盛批評菲律賓當局，將拯救行動失敗的主因，歸咎於媒體現場直播，令槍手清楚警方拯救行動如何部署，及知道其弟被拘捕後激發情緒的說法並不成立。他指責菲律賓政府並無把人質的安全放在首位及把握時機才是失敗的主因。他說：最關鍵的是你没有第一時間斃死他，你有九個小時作準備，你有射擊手在附近，如果你聽到第一下槍聲後你就開槍射死他，就不會死那麼多人。
立法會保安事務委員會決定，將於星期四下午舉行特別會議跟進這次事件。
另外，港區人大代表田北辰在北京列席全國人大常委會會議時，就香港人在馬尼拉被屠殺事件，要求中央政府向菲律賓政府予以強烈譴責。