在台灣，因受肆虐全球的新型冠狀病毒威脅，總統蔡英文宣布，暫停5月20日總統就職儀式籌備活動。但台灣年度的大型宗教盛事「媽祖遶境」，仍堅持如期舉行。（鍾廣政 台北報道）
武漢肺炎疫情至今仍無法控制，並向全球蔓延。台灣總統蔡英文周三（26日）在臉書發文表示，暫停五月總統就職活動的籌辦工作，保持最大彈性因應疫情變化。基於防疫優先，只要防疫仍有疑慮，總統就職日就不會舉辦大型群眾活動。
中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中表示，從整個疫情發展來看，他認為非常不適合舉行大型活動。
陳時中說：但是過來這幾個禮拜是會產生一些變化，基於我們對病毒的不確定性，我們雖然認為威脅是非常大，但是也不敢說百分之一百怎麼樣，所以持續觀察疫情是有必要的。但是整體在專業和專家的眼中來講，我們基乎可以講短期裡面，整個疫情馬上往下掉的可能性非常之低，但是因為還有一點時間，所以願意再觀察。
不過，台灣每年農曆新年過後，全台多間媽祖廟會先後舉辦大型媽祖遶境活動，而其中又以台中大甲鎮瀾宮規模最大，每年有超過二十萬人參加，來回步行340公里的九天八夜活動。部份輿論擔心，這個時候舉辦大型宗教活動，可能會引發像韓國大邱新天地耶穌教會的大規模感染，要求停辦。
鎮瀾宮董事長顏清標舉行記者會，表示遶境活動會如期進行，但會取消部分項目、加強防疫措施，如果政府下令禁止，他們會遵從。
顏清標說：對於疫情防疫管理，衛福部是專家，針對全台媽祖遶境進行幾天，會不會變成防疫破網，衛福部請作出專業的判斷，讓各宮廟有所遵從。政府尚未建議延期之前，遶境的防疫措施首次取消千桌起駕宴媽祖之光晚會、祝壽大典。
對於鎮瀾宮繼續舉辦宗教活動，主管宗教事務的內政部次長陳宗彥被記者追問時表示，當局並未下令禁止。
陳宗彥說：大幅縮小了規模，也將兩個萬人的活動都取消，同時他也呼籲信眾的部份，不要跟著轎子走，他們也嚴禁不可以去摸轎和鑽轎子等等，這些過去大甲媽傳統的遶境活動的儀式。我們還是會再次提醒，我們在溝通的過程也不斷的提醒，大甲鎮瀾宮要適時的去注意疫情的發展。我們還是再重申，提醒大甲鎮瀾宮一定要立即做好延期的備案措施。
而陳時中就表示，希望信徒和媽祖一起做好防疫工作。
陳時中說：我也是想這件事，我想說有一點感觸，也要呼籲，媽祖是慈悲的，在疫情期間我們應該保護好自己，也要互相來照顧，最重要是不要讓媽祖憂心。大家本著這樣的心互助互利，我希望能夠有一個大家都能夠接受的結果。當然很重要的是，對疫情真的不可以輕忽。
新北市長侯友宜表示，大型活動要個別評估，但如果大型活動人潮很多，聚集一起長時間接觸，雖然看起來是在戶外，始終是人濟人在一起。他指，像遶境活動期間，信徒要共同飲食、共同住宿，他認為不適宜舉辦。