世界衛生組織以13點聲明，反擊台灣民眾指控被世衛孤立，總統蔡英文回應指，世衛聲明反映台灣參與不完整，過去十年有七成時間被拒絕，台灣希望完全參與並對世界作出貢獻。陸委會批評北京在疫情期間文攻武嚇，指軍事行動無助於兩岸關係的正向發展，呼籲兩岸相互尊重、跟良性互動。（鍾廣政 台北報道）
台灣民眾周二（14日）以眾籌方式，在《紐約時報》刊登廣告後，世界衛生組織以列出13項要點的聲明反擊，指台灣過去都有參與世衛相關活動和會議。
台灣總統蔡英文周四（16日）回應指，在這段期間，對於台灣參與聯合國的相關專門性組織，例如世界衛生組織（WHO）或世界衛生大會（WHA），有很多國家都站出來表達支持，因為他們在這一次的防疫期間，了解台灣雖然被孤立，但是台灣有能力在這個階段保護自己，也能夠貢獻國際社會。
蔡英文說：WHO提出的13點說明，其實也說明了一件事，就是台灣的參與並不完整，而是依情況、情勢、個案來決定我們可不可以參與；這些都不是我們應該受到的待遇。我們應該要得到的是完整的參與權，能夠雙向的跟WHO有互動，而且可以貢獻，可以把資訊提供給WHO，也可以跟其他國家分享資訊。
蔡英文表示，希望國際間可以看到台灣，雖然在這一次用自己能力穩定的處理疫情，但是如果能完整參與WHO的話，台灣處理疫情會更有效率、更完整，而且也更有能力去幫助其他國家。
蔡英文說：在過去10年，我們提出了187項參與專家會議的請求，但是有70%的機會被拒絕。換句話說，我們只是個案被允許參加，而沒有全面性的確保可以完整參加，這段期間，很多國家替我們仗義執言，也肯定台灣的貢獻，我們都非常的感謝，也希望在未來能夠可以跟其他國家一起對世界的健康及公共衛生有所貢獻。
針對美國白宮新聞稿特別提到，台灣去年12月31日已提出新冠肺炎可能會有人傳人的情形事，蔡英文回應表示，這也是一個案例。
蔡英文說：說明了當時我們已經發覺這個不尋常的情況，因此我們也通知WHO，希望WHO能夠注意，同時對我們提供相關訊息。很可惜這件事情當時沒有被注意到，以致於全球在防疫過程中，少了一項重要資訊。
另一方面，大陸委員會副主委邱垂正表示，對於解放軍遼寧艦以及軍機繞台進行威嚇，台灣軍方都有充份掌握。
邱垂正說：當前各國致力於防疫，我們要呼籲各方，應共同維護區域的和平穩定，切勿一再升高緊張情勢。相關的軍事行動無助於兩岸關係的正向發展、亞太的安全。我們最近確實有關注到，包括像陸方用的多這種媒體有許多威嚇的文字，政府不歡迎，也不希望陸方特定激進人士跟媒體，鼓動非和平及武統的言論。
邱垂正重申，台灣政府致力於維護台海和平、穩定現狀的立場一貫堅定。面對中共的文攻武赫，台灣保持不挑釁、不冒進的態度，讓兩岸之間沒有釀成嚴重的衝突，兩岸關係是雙方的責任，希望北京當局可以理解，民主的台灣、民選的政府，不會屈服於威脅、恫嚇。兩岸相互尊重、跟良性互動，才符合彼此人民的利益與期待。