最高法院檢察署，以涉嫌詐領秘密外交費用罪名，收押前行政院副院長邱義仁後，前總統陳水扁晚上舉行記者會表示，他任內從來無貪過外交部的錢。
陳水扁指，台灣對邦交國的援助和貸款，完全依照相關程序，由外交部處理，他從未經手過。陳水扁說：特偵組為了將我起訴定罪，不斷大動作將過執政團隊的成員，一個一個收押禁見，想要押人取供，一定要咬到我才罷休。既然要把我羅織成獄，就直接衝著我來，不要再假借反貪腐之名，而行清算鬥爭之實。
調查發現在2004年時，當時擔任國家安全會議秘書長邱義仁，向外交部聲稱要領取五十萬美元，進行秘密外交，但這些支票並無流入邦交國手中。
高檢署經過六個小時秘密偵訊後，週五清晨五點，正式收押邱義仁，成為台灣有史以來，以貪污罪被收押的最高級官員。
台北地方法院庭長黃俊明表示，五十萬美元最後是在外國的賭場兌換成現金，再匯到外國的銀行戶口。
黃俊明說：本院承審法官經過訊問後認為，被告在國安會擔任秘書長期間，明知外交部的“安亞專案”已經執行完畢，被告仍然向外交部詐稱說，為了繼續執行安亞專案，請求核撥五十萬元的美金。外交部不知有詐，就將五十萬元的美金的多張空白支票交給被告。事後發現，這些部份的空白支票，在海外某些賭場兌現了。
民進黨主席蔡英文對高檢署收押邱義仁，表示強烈質疑，希望檢察機關公開說明。