最高法院特別偵查組，在下午四點五十分，派出兩名書記官送交抗告書到台北地方法院，對陳水扁星期六凌晨無條件獲釋，提出抗告。
檢察總長陳聰明說，陳水扁獲釋後，特偵組開會討論，三名負責對陳水扁做第二輪起訴的檢察官認為，如果不繼續收押陳水扁，將影響包括第二次金融改革貪污案和侵吞機密外交費等案件偵辦，所以主張提出抗告。
依照台灣的法律規序，抗告書會先送交星期六釋放陳水扁的法官周占春，彙整後再送到高等法院排期開庭。如果高等法院同意抗告，本案將發回台北地方法院，由周占春開庭，研究要不要收押陳水扁。
台灣輿論分析近年高檢署提出的抗告例子，祗有一個案例提出四次抗告後，才成功再收押被告，所以輿論普遍猜測，陳水扁再被收押的可能性不高。
陳水扁辯護律師鄭文龍說，陳水扁將聘請九位律師，來對抗特偵組的八位檢察官。由於認為抗告不會成功，陳水扁已經開始安排後續行程，包括星期五舉行記者會，反駁特偵組組起訴他的罪名。