1900年华北义和团运动爆发，继而中国向几乎所有的西方列强宣战，从而引发八国联军进攻中国。战败之后，中国政府被迫签约，向各国赔款。美国人作为八国联军之一，也得到了大约2800万美元的赔款。
1911年，美国政府将这笔钱退还给中国。其中的一部分退款用来建立一所留美预备学校，叫做清华学堂。一年之后，清华学堂改名叫做清华学校。北阀胜利之后，国民政府统一了中国，在南京建立了全国政府，同时将清华学校接管，于1928年改为国立清华大学。
从此，清华大学走上了腾飞的道路，几年之内便成为全国思想、学术的先锋。王国维、梁启超、赵云任等著名学者云集清华。可以说，1928年到1937年的十年是清华发展史上最光辉灿烂的时光。
日本侵华之后，清华大学撤退到长沙，于1937年10月在长沙与北京大学和南开大学合组成长沙临时大学。长沙沦陷之后，北大、清华和南开迁到昆明、组成西南联合大学。
在昆明的八年期间，西南联大成为思想、政治斗争的阵地，大批中共地下党渗透进学术圈子。抗战胜利之后，清华于1946年迁回北京复校。可是中共地下党大肆扩展，清华校园几乎成了中共北平组织的指挥部。
中共建国之后，1952年清华大学遭到严重打击。当年中共搞院系调整，把一个具有文、法、理、工、农五个学院的综合性大学东裁西减成一个单一的理工科工业大学。从此以后，清华在中国思想界失去了影响，成为共产党培养科技人才的机器，并在文革中遭到和其它大专院校一样的厄运。
文革之后，清华逐渐苏醒。在1984年建立全国第一个研究生院，并开始重新成为一支文理综合性大学。先后建立了经济管理学院、教育学院、人文社会科学学院、法学院、美术学院、公共管理学院和医学院。清华的元气经过几十年的半死不活的状态之后，开始复苏和振兴。
但是从政治上讲，清华大学一直是共产党手下的宠儿。清华从四十年代开始就一直由地下党控制。在中共核心领袖们的眼里面，清华出来的人头脑简单，不象北大人那样多事，政治上也很可靠。目前清华的教职员工中中共党员竟然高达55%左右，是又红又专的榜样，可以放心任用。
因此在中共政坛上，有“清华帮”的说法。清华历任党委书记中的彭珮云、何东昌、袁永熙、蒋南翔、刘达、林克等，都是中共地下党出身的铁杆党工干部。中共现任核心领袖胡锦涛，也是当年清华的政工干部出身。清华帮何东昌、蒋南翔等长期把持中国的教育部。在很长一段时期之内，中国教育部的关键位子，都由清华帮控制。
90年代中期以来，中共的外交、安全和国际传媒系统也各自在清华插上一脚，建立了自己的阵地。在中国帮派习气浓厚的学术界，清华帮在中国科学院和工程学院中霸气十足、互相推荐、蒸蒸日上。目前三分之一的中科院院士是清华帮、五分之一的工程学院院士来自清华。
在清华建校的周年之际，每一次中共的领袖都会专程捧场，发誓要把清华大学变成社会主义精神文明的桥头堡，使之成为中共韬光养晦的阵地，以便为实现所谓的中华民族的伟大复兴而努力奋斗。
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