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吴敦义还认为，不能把政府灾后重建的工作和九二一大地震的灾后重建工作作简单的比较。
对于行政院工程会公布调查报告，认定小林村灭村是大雨造成的，与越域引水工程无关，引发部分原住民反弹。吴敦义回应表示，会再送国际权威机构鑑定，进一步评估与鑑定后再决定是否恢复越域引水工程。
吴敦义强调，他会尊重工程会公布的报告，但不会作为最终鑑定，因为小林村民及关心水土保持的人不太能接受这份报告，政府愿再送国际间更具权威的鑑定机构再鑑定。
吴敦义说，原先经过评估认为曾文水库越域引水很重要，但既然发生八八水灾，有人质疑越域引水是造成小林灭村的原因，政府就不能漠视，要正面回应。
吴敦义表示，水利署根据实际勘查，认为当地的地形、地貌已有重要改变。越域引水是不是因为地形、地貌改变而没有如当初预期；是否即便施工恐怕也没有办法产生效益？政府到底应该不应该投入经费建造一个已经失去效益的工程？对于这些问题要进一步评估与鑑定，取得大家互信、共识且要有效果，政府会谨慎面对，不会轻率行事。
以上是自由亚洲电台记者胡汉强发自台北的报导