1989年六四屠杀发生时，华棣正在莫斯科开会，他拒绝回国，辗转来到美国，受聘于斯坦福大学国家安全与军备控制中心从事研究工作。1998年华棣的亲人逝世，他在获得中共当局不拘捕他的保证后，于1月5日回北京奔丧，一下飞机即被逮捕。1999年被北京法院判刑10年，关在上海提篮桥监狱服刑。
中国民主党上海第26独立支部主任黄小勤被上海法院判刑后，2003年6月至07年2月也关在提篮桥监狱，与华棣成为狱中难友。黄小勤说：“我在七监区服刑，他也是在七监区。提篮桥监狱不集中关政治犯，把政治犯由两个刑事犯看管，政治犯与政治犯不能有联系。”但是黄小勤仍然找到机会与华棣接触，他说：“我们去厕所，我跟他也可能只进行了十几秒钟的简单对话。他告诉我：他和扬子立，就是四君子之一，关在一起，他问我知不知道扬子立，他说扬子立是个非常好的人。”
对于华棣的印象，黄小勤说：“我觉得华棣是个非常了不起的人，无论从他学问，从他的个人修养，从他的人格魅力来说，我非常尊敬他。但不幸的是，看管他的那两个犯人，非常非常恶劣，他常常遭到这些犯人的辱骂。但是我看到华棣还是忍着，作为一个知识分子，他的涵养很高。”
黄小勤说，他看到涵养很高的华棣也有发火的时候：“有一次我在水房洗脸，华棣在那边，跟另一个犯人说：中国的军队是党卫军，跟希特勒一样，因为军队要保护党嘛，所以那些军队就是党卫军，跟希特勒的党卫军是一个性质的。”那么华棣是否对89六四后自己的选择表示后悔呢？黄小勤说：“我感觉他给我的印象是他做得还不够。他是个高干子弟，他对共产党政权的本质，很痛恨，认识得很清。”
华棣08年1月出狱，目前居住在北京。他在中国从事火箭与导弹研究长达24年，曾获国家突出贡献奖。1986年后华棣改为从事社会科学研究，先后在社科院美国研究所和中信公司国际问题研究所任职。他被以“泄露国家机密罪”判刑，但究竟泄露了什么？至今无人所知。
以上是自由亚洲电台特约记者CK的报道。