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吕秀莲在星期三下午召开记者会回应表示，有关报导内容不实。这份周刊还提到她为平息独派的反弹，曾经去请教前总统府资政许文龙，也非事实，她与许文龙已经好几年没见面。不过吕秀莲在公开声明中，很明显为自己的大陆之行预留后路。
吕秀莲除了否认中国行传闻内容不实之外，还对两岸即将签署的金融MOU表示忧虑。她说：“直到目前为止都没看到详细内容，说不定一觉醒来，就已经签好了。两岸的经济合作架构协议也是一样，没看到内容、故弄玄虚。如果这两个东西都签了，那就是意味两岸经济统一了。”
吕秀莲强调，胡锦涛宣布要完全统一台湾，台湾的国家领导人与陆委会完全没有回应，这是台湾的危机。面对中国正在柔性统一台湾，大家要有智慧共同面对这项新挑战。面对中国正在推动对台湾的完全统一，民进党不能自外于险恶的潮流下。
对于媒体报导吕秀莲将访问中国大陆，民进党发言人蔡其昌回应表示，吕秀莲是党内重要资产，党公职到中国访问，必须遵守党纲党章的规定，并事先向党中央报备。民进党不反对两岸有尊严且对等的交流，反对的是参与具有统战性质的活动如“国共论坛”。
蔡其昌还表示，国台办表示欢迎台湾各政党人物访问中国一事，这种说法不是第一次，也不是新鲜事。中国如果要对台湾表达善意，应撤除对台湾飞弹的威胁，尊重台湾两千三百万人对主权的要求，不要打压台湾的国际生存空间，大家互相尊重，两岸关系就不会如此紧张与对立。
不过蔡其昌显然忘记了包括陈水扁，吕秀莲在内的民进党主要领导人，几乎都是在天安门血案后，在全世界民主国家都在制裁北京政权血腥镇压学生运动的时候，他们前往北京，接受北京的热情招待。陈水扁还特意在解放军用来碾压学生的坦克车前微笑照相留念。
以上是自由亚洲电台特约记者胡汉强台北报道。