总统马英九星期四召集国安会议秘书长、国防部长等部会首长，听取各单位对这件事情的汇报，并要求各单位向退役将领再度明确宣示政府立场。
总统府发言人范姜泰基向媒体转述指出，马英九表示，自己听到新闻时觉得错愕，虽然相关人士已否认有不当言论，但是外界已经留下负面观感，特别是退役将领们戎 马一生，以反共、爱国、保卫人民为信条，忠烈祠内更有许多为保卫中华民国而牺牲的国军袍泽，相关言论风波让他感到十分错愕、痛心。
马英九要求相关单位继续查证，如果媒体报导属实，这种做法不仅违反政策、极为不当，也必须给予严厉谴责。同时还要求国防部会和退辅会、陆委会研拟行为规范， 务必以“立足台湾、关怀两岸、中华民国利益优先”，以及“行程透明、言行谨慎”，做为日后退役将领赴中国大陆的行为准则。
马英九特别强调，退役将领虽不具官员身分，但是他们的敏感度并不低于官员，这次事件不排除有新闻误传可能，但也给政府一个警惕。现阶段绝对不会授权任何人讨论两岸军事互信机制，必须以先经后政、先易后难、先急后缓的原则，稳步推动两岸关系。
陆委会也立即在记者会上作出呼应。副主委刘德勋表示，内政部、国防部如果讨论草拟退将赴陆行为准则，陆委会也会参与讨论、提供意见，但这仍要在现有法定基础上进行。按照现行《台湾地区与大陆地区人民关系条例》与内政部拟定的相关办法，针对从事国防、科技、情治、国家机密业务或大陆事务相关人员，订有退离职未满三年人员赴大陆应经审查许可的机制。
不过刘德勋坦言，“条文办法没有完备（规范）到所有民间交流”。他再三提醒，台湾地区与大陆地区人民关系条例制定得非常清楚，“确保台湾地区安全与民众福祉”是两岸交流唯一而且是绝对的标准，政府官员或相关人士前往大陆时“心中要有的一把尺”。
不过，相关军队退休将领这两天接受媒体访问时，都一概否认曾说过这样的话，表示对遭误解感到“寒心”。他们还表示，如果马英九总统问他们原委，他们一定会说清楚。不能凭空就扣他们帽子，他们绝对不接受。
以上是自由亚洲电台记者胡汉强发自台北的报道。