馮教授長期從事中國當代史尤其是制度轉型的研究，出版了《走出輪回：農民意識與百年中國》、《和解的智慧》，編輯了《憲政與中國》、《李慎之與自由主義在中國的命運》、《二十世紀的中國》、《憲政民主與和諧社會》等多種著作，此外也用英文出版過著作。從這些書名可以看出馮教授的學術興趣和當代中國的命運是緊密相連的。當今海外中國學者中很多人都因為政治和功利的考慮而回避這些敏感課題，馮教授這樣的選題和執著是難能可貴的，延續了中國知識分子以天下為己任的傳統。
馮崇義教授的新著《中共黨內的自由主義--從陳獨秀到李慎之》，香港明鏡出版社2009年九月出版。
在這本書中，馮教授梳理了中共黨內自從創始到現在的一條綿延不絕的的自由主義的線索，指出“中共黨內存在一個被壓抑和扭曲的自由主義傳統，這個傳統以其頑強的生命力接受考驗與磨難，而且有可能促成中共轉型，浴火重生，將中華民族引上人類文明的主流正道”。所謂自由主義，指的是在西方近代歷史上發展起來的尊重個人自由和權利，提倡憲政民主和市場經濟的社會政治經濟理論。這個理論在二十世紀經受了法西斯主義和共產主義的雙重挑戰，被很多國家的歷史證明是當今人類社會相對比較合理的制度。
那麼，既然是一個被共產黨政權反對的理論，怎麼可能在共產黨內生存和維持呢？馮教授先是重點研究了中共創始人陳獨秀。陳獨秀早年思想激進，拋棄了自由民主主義，擁抱了共產主義，結果建立了一個給中國帶來動亂和災難的政黨。他後期在黨內鬥爭中失敗，下台後恢復了獨立知識分子的身份和思考，晚年得出結論：共產主義已經給蘇聯帶來災難，也將把中國引向絕路，
只有自由民主才能給中國帶來安定和發展。馮教授又重點研究了中共90年代黨內的自由主義者李慎之。李早在五十年代就是中共黨內國際問題專家，後來在反右和文革中遭受磨難，逐漸改變了對共產主義的看法。但真正促成他徹底轉變的是1989年六四事件。六四之後，李慎之憤然表示決不在在刺刀下做官，辭去在社會科學院的官職。此後他和很多中青年自由主義學者展開了密切交流，從他們那裡了解了自由主義理論。在經過深入思考後，他得出結論：自由主義是唯一能夠解決中國社會政治經濟問題的制度安排。這樣，像半個多世紀前的陳獨秀一樣，他也完成了從共產主義向自由主義的思想轉變。
自由主義如果要在中國成為主流意識形態，那就意味這共產黨必須放棄一黨專制，建立民主，實現言論集會結社出版等等各項自由，同時放棄對國民經濟命脈的控制，真正實現自由競爭的市場經濟。在今天的現實下，所有這些對中共來說都是難於上青天的。
馮崇義教授對這個現實當然是非常了解的。但他這個結論也不是一廂情願，而是建立在對中共黨史和當代中國現實的深入分析之上的。
更重要的是，如果中共不走自由民主的道路，那麼中國動亂的根源就不但不會消除，只會日益尖銳。這是所有中國人都不願意看到的。因此，馮教授認為不能完全排除中共緩慢地轉向自由民主大道的可能性，也是處於對國家民族和平發展的一種善意期待吧？!