運載八名遇難港人靈柩及傷者的包機，在周三晚上約八時抵達香港機場，特區政府和中聯辦官員、康泰旅行社代表等在機場迎接，中聯辦副主任李剛及政務司長唐英年登上包機，慰問傷者及家屬，為死難者舉行簡單悼念儀式後，靈柩移送公眾殮房。
中國駐菲律賓大使館發言人孫毅接受本台訪問時表示，18歲傷者梁頌學目前仍在深切治療部留醫，醫生評估傷勢後，認為他暫時不適合跟隨包機返港，會繼續留在馬尼拉醫院接受治療。
他說：他是重傷患者，所以醫生還是建議他不要走，要繼續治療，我們也會跟他們進行溝通，如果有什麼可以做的，我們都會全力配合。
至於下颚中槍受傷的易少玲，稍後會由保險公司安排的醫療專機返港。遇難港人靈柩，在下午約四時送到馬尼拉機場，菲律賓當局舉行默哀儀式，由菲律賓海軍護送逐一運上飛機。外交部工作人員、中國駐菲律賓大使劉建超及菲律賓政府代表等都有送行。
菲律賓全國哀悼日悼念事件中的死難者，政府建築物下半旗致哀，不少當地民眾及華人早上到出事現場憑弔遇害香港旅客。
而香港特區政府宣布將於周四早上八時，在灣仔金紫荊廣場舉行悼念儀式，除了緊急服務，所有政府機構會暫停服務3分鐘，為遇難者默哀。
對於外界質疑死者是槍手開槍還是被菲律賓警方錯誤擊斃，當地傳媒報道，警方已為部分遇難者驗屍，初步認為死者都被槍手殺害，又指參與營救人質行動的200名特警全部交出槍械，做彈道檢查。在調查期間，4名特警指揮官停職，而負責營救行動的總指揮自願提出休假。菲律賓內政部及司法部成立獨立調查委員會，對事件展開調查。
香港保安局局長李少光在記者會上表示，因應港人的訴求，香港警方很可能會展開獨立調查。
他説：我們的法醫官做檢驗，如果有需要死因庭亦會作調查，很可能我們的警方亦會做一個獨立的調查。
而香港政黨民建聯會見中聯辦官員，要求讓香港警方介入菲律賓的調查。
他説：菲律賓政府及警方是不力的，所以調查結果如何作結論，如果搜集證據做到客觀、公正，香港市民是有疑問的。
多個香港團體就繼續到菲律賓駐港總領使館抗議，包括外遊領隊的工會。他們不滿菲律賓總統交代事件不夠認真，又認為他致電特首曾蔭權道歉還不夠，應該向死難者及家屬道歉，並要求中央及特區政府派人到當地調查事件。