就台美關係，出現空前的緊張，連佔立法院4 份之3議席的國民黨黨團，都不賣總統馬英九的賬，修定美國牛肉進台灣的法例，使馬政府在外交上與美國簽定的協議無法落實，美方表示將會報復，更將影響台美貿易暨投資架構協定（TIFA）、與台灣人赴美的免簽證、軍售、高層互訪等議題，民進黨發言人蔡其昌對本台表示，馬英九政府要承擔最大的責任。
蔡其昌說，“我們認為，今天台灣與美國的關係，如果有任何的不愉快，或者有任何的新的狀況出現，蘇起秘書長(國安會)跟馬政府要負起最大的責任。因為美國牛肉的談判，包括議定書的簽定，完全不接受國會的監督，事先沒有經過國會的協商與監督，也沒有跟台灣的社會，做充份的溝通，就一意孤行，跟美國簽定，讓國人充滿疑慮，大家擔憂對每一個人的身體產生健康影響。”
目前，台灣的食肆，都會在店面標明食品的來源，以免引起消費者者的疑慮。蔡其昌批評馬英九政府在整個事件中黑箱作業，“如果馬政府的決策能夠更加透明，能夠跟台灣社會做充分的溝通，接受力法院的監督，我想取得共識之後，再去跟其它國家簽約，就不會出現今天美牛談判，讓雙方國家都出現極大誤會與傷害。”
民進黨國際事務部主任蕭美琴亦指責國民黨犯錯，卻要全民承擔，包括人民的健康，或美方對台灣可能進行的貿易報復，作法令人氣憤。
對於馬英九政府即將派團到美國說明牛肉輸台的問題，民進黨時期的前台灣駐美代表吳釗燮就表示，風頭火勢，美方有可能拒見台方代表團，但他不認為美牛事件會影響美方對台軍售，因為對台軍售的關鍵，是取決於美中關係的發展。
立法院修定有關美國牛肉入口的議案，預計下星期就會通過。根據台灣現行的雙首制，在總統與立法院出現僵局時，總統不能夠否決立法院的法令。而馬英九上任不到兩年，民望插水。中國時報在09年最後一日，為馬英九打分，其所做的民調顯示，對馬英九施政不滿的高達49.5%，滿意的為35.8%。